• здійснення контролю за повнотою стягнення й своєчасним перерахуванням у федеральний бюджет нижчестоящими митними органами мит і податків, що ставляться товарам, переміщуваним через митний кордон РФ;
• контроль у підвідомчому регіоні діяльності митних брокерів, митних перевізників й інших осіб;
• організація, координація й контроль за проведенням у підвідомчому регіоні митними органами перевірок хазяйновитої-господарчої-фінансово-господарської діяльності осіб, що переміщає товари й транспортні засоби через митний кордон, митних брокерів або інших осіб, що здійснюють діяльність, контроль за якою покладений на митні органи РФ;
• розробка й забезпечення реалізації програм створення на території підвідомчого регіону митних складів і складів тимчасового зберігання, власниками яких є митні органи;
• виконання функцій агента валютного контролю;
• взаємодія з податковими й фінансовими органами, що перебувають у підвідомчому регіоні;
• участь у веденні товарної номенклатури зовнішньоекономічної діяльності;
• відкриття поточних рахунків по федеральному бюджеті, сум за дорученнями, інших рахунків у кредитних організаціях, перелік яких визначається ГТК; ведення обліку рахунків, що відкривають нижчестоящими митними органами й організаціями системи ГТК, що перебувають в оперативному підпорядкуванні регіонального керування, у кредитних організаціях;
• контроль й аналіз за надходженням коштів, отриманих від реалізації товарів, транспортних засобів й інших предметів, звернених у федеральну власність.
Митниця РФ входить у єдину систему митних органів. Рішенням ГТК окремі митниці підкоряються безпосередньо ГТК Росії.
У безпосереднім підпорядкуванні митниці перебувають розташовані на території підвідомчого регіону митні пости РФ, крім митних постів, безпосередньо підлеглих вищестоящим митним органам.
Основні завдання митниці:
1) здійснення митного оформлення й митного контролю;
2) застосування митно-тарифного механізму й податкового механізму в частині податків, що ставляться до товарів, переміщуваним через митний кордон РФ; стягнення митних платежів.