• забезпечення ефективного використання митних режимів при переміщенні товарів і транспортних засобів через митний кордон;
• видача ліцензій і кваліфікаційних атестатів, забезпечення ведення реєстрів, затвердження розмірів обов’язкових платежів;
• організація митного оформлення товарів і транспортних засобів;
• розвиток митної інфраструктури;
• забезпечення контролю за дотриманням режиму зони митного контролю, здійснення мер по охороні митного кордону;
• організація дотримання дозвільного порядку переміщення окремих товарів і транспортних засобів через митний кордон;
• участь в організації експортного контролю, контролю за вивозом стратегічних товарів і культурних цінностей;
• здійснення валютного контролю в статусі органа валютного контролю;
• організація ведення боротьби з контрабандою й злочинами в сфері митної справи;
• забезпечення виконання функцій органів дізнання по злочинах у митній сфері й органів, що здійснюють оперативно-розшукову діяльність;
• надання сприяння в боротьбі з міжнародним тероризмом і наркобізнесом;
• ведення митної статистики зовнішньої торгівлі й спеціальної митної статистики РФ;
• ведення товарної номенклатури зовнішньоекономічної діяльності;
• розробка проектів міжнародних договорів РФ із питань митної справи;
• забезпечення підготовки, перепідготовки й підвищення кваліфікації посадових осіб митних органів;
• створення регіональних митних керувань і митниці, митних лабораторій, обчислювальних центрів і т.п.;
• реорганізація й ліквідація регіональних митних керувань і митниці, митних лабораторій, інших підвідомчих підприємств;
• здійснення правомочий власника по керуванню майном митних органів РФ, митних лабораторій, інших підвідомчих підприємств;
• створення, забезпечення функціонування єдиної автоматизованої інформаційної системи митних органів РФ.
До прав ГТК ставляться:
• визначення особливостей правового регулювання митних режимів;