При необхідності федеральні міністерства, інші федеральні органи виконавчої влади й об’єднання можуть поєднувати за взаємною домовленістю коштів своїх позабюджетних фондів.
Виділення з позабюджетних фондів коштів на проведення науково-дослідних, дослідно-конструкторських й інших робіт здійснюється на договірній основі.
Контроль за цільовим використанням коштів позабюджетних фондів здійснюють Міністерство науки й технологій РФ і Мінфін РФ.
При реорганізації або ліквідації федеральних міністерств й інших федеральних органів виконавчої влади кошти їхніх позабюджетних фондів передаються в позабюджетні фонди нових федеральних органів виконавчої влади, що є їхніми правонаступниками, а при відсутності правонаступників - у Російський фонд технологічного розвитку. При реорганізації або ліквідації об’єднань кошти позабюджетних фондів передаються в позабюджетні фонди правонаступників, а при відсутності правонаступників - у Російський фонд технологічного розвитку або інший позабюджетний фонд за рішенням ліквідаційної комісії.
В 1998 р. діяли 84 галузевого й міжгалузевих позабюджетних фонду науково-дослідних і дослідно-конструкторських робіт. Із загальної кількості фондів 22 утворені у федеральних органах виконавчої влади, 54 - в асоціаціях, союзах й об’єднаннях й 8 - у великих корпораціях і концернах, що здійснюють координацію діяльності по розробці, фінансуванню й реалізації комплексних і цільових науково-технічних програм.
Приведемо приклади.
1. Позабюджетний фонд фінансування НИОКР й освоєння наукомісткої продукції в будівництві, утворений Міністерством РФ по земельній політиці, будівництву й житлово-комунальному господарству (Минземстрой РФ). Установлено наступний порядок формування й використання спеціального позабюджетного фонду НИОКР Минземстроя РФ.
Джерелом формування фонду є кошти, утворені за рахунок відрахувань у розмірі 1,5% від повної собівартості товарної продукції, робіт і послуг підприємств й організацій стройиндустрии, промисловості будівельних матеріалів і будівельного машинобудування, будівельних і монтажних організацій, проектних, дослідницьких і науково-дослідних організацій, що входять до складу будівельного комплексу. Ці кошти, що включають у собівартість токарської продукції, робіт, послуг й у ціну будівельної продукції, підлягають перерахуванню підприємствами будівельного комплексу на спеціальний рахунок Минземстроя РФ.