Фінансові кошти територіального фонду утворяться за рахунок: страхових внесків підприємств на обов’язкове медичне страхування; платежів, що передбачають органами виконавчої влади у відповідних бюджетах на обов’язкове медичне страхування непрацюючого населення; сум, прийнятих у рахунок погашення заборгованості по сплаті страхових внесків на підставі взаємозаліків; доходів, одержуваних від використання тимчасово вільних фінансових коштів і нормованого страхового запасу фінансових коштів територіального фонду; фінансових коштів, стягуваних зі страхувальників, страхових медичних організацій, медичних установ й інших юридичних і фізичних осіб у результаті пред’явлення їм регрессных, штрафних й інших вимог; добровільних внесків юридичних і фізичних осіб; інших надходжень.
Територіальний фонд обов’язкового медичного страхування і його філії фінансують страхові медичні організації на підставі договорів про фінансування обов’язкового медичного страхування. Воно здійснюється по диференційованим подушевым нормативах.
Відповідно до договору про фінансування обов’язкового медичного страхування при недоліку в страхової медичної організації коштів для оплати медичної допомоги в рамках територіальної програми обов’язкового медичного страхування вона звертається у фонд за субвенціями.
Страховые медичні організації, що здійснюють обов’язкове медичне страхування населення відповідної території, у тому числі філії страхових медичних організацій, що перебувають на інших територіях, надають фонду інформацію про кількість і склад застрахованих, обсязі й вартості оплачених медичних послуг при здійсненні ними територіальної програми обов’язкового медичного страхування, розмірах штрафних санкцій, пред’явлених ними до медичних установ, дані про витрати на ведення справи й формуванні й витраті резервів і фондів по обов’язковому медичному страхуванню й іншій необхідній інформації.
Отримані від фонду по диференційованим подушевым нормативах коштів обов’язкового медичного страхування страхові медичні організації використають на оплату медичних послуг, формування резервів, оплату витрат по веденню справи по обов’язковому медичному страхуванню, формування фонду оплати праці працівників, зайнятих обов’язковим медичним страхуванням.