Джерелами фінансових ресурсів системи охорони здоров’я є:
• кошти федерального бюджету, бюджетів суб’єктів РФ й органів місцевого самоврядування;
• кошти державних і громадських організацій, підприємств;
• особисті кошти громадян;
• безоплатні й благодійні внески й пожертвування;
• доходи від цінних паперів;
• кредити банків й інших кредиторів;
• інші джерела.
Із цих коштів формуються самостійні фонди охорони здоров’я й фонди медичного страхування.
Фінансові ресурси державних, муніципальної систем охорони здоров’я призначені для реалізації єдиної політики в області охорони здоров’я населення. Вони направляються на:
• фінансування заходів щодо розробки й реалізації цільових програм;
• забезпечення професійної підготовки кадрів;
• фінансування наукових досліджень;
• розвиток матеріально-технічної бази установ охорони здоров’я;
• субсидування конкретних територій з метою вирівнювання умов надання медичної допомоги населенню по обов’язковому медичному страхуванню;
• оплату особливо дорогих видів медичної допомоги;
• фінансування медичних установ, що роблять допомогу при соціально значимих захворюваннях;
• надання медичної допомоги при масових захворюваннях, у зонах стихійних лих, катастроф й інших цілей в області охорони здоров’я населення. Фінансові кошти державної системи обов’язкового медичного страхування формуються за рахунок відрахувань страхувальників на обов’язкове медичне страхування.
Федеральний фонд обов’язкового медичного страхування є державною некомерційною установою. 
Основними завданнями фонду є:
• фінансове забезпечення встановлених законодавством прав громадян на медичну допомогу за рахунок коштів обов’язкового медичного страхування;
• забезпечення фінансової стабільності системи обов’язкового медичного страхування й створення умов для вирівнювання обсягу і якості медичної допомоги, надаваної громадянам на всій території РФ у рамках базової програми обов’язкового медичного страхування;