Друге читання. При розгляді Державною Думою проекту федерального закону про федеральний бюджет у другому читанні затверджуються витрати по розділах функціональної класифікації витрат бюджетів у межах загального обсягу витрат федерального бюджету, затвердженого в першому читанні, і розмір Федерального фонду фінансової підтримки суб’єктів РФ. Державна Дума розглядає в другому читанні законопроект протягом 15 днів від дня його прийняття в першому читанні.
Суб’єкти права законодавчої ініціативи направляють у комітет з бюджету виправлення по витратах по розділах функціональної класифікації витрат бюджетів, відповідно до виправлень комітет з бюджету розробляє й вносить на розгляд Державної Думи проект постанови про прийняття в другому читанні проекту закону й про розподіл витрат федерального бюджету на черговий фінансовий рік по розділах функціональної класифікації. Якщо Державна Дума при розгляді в другому читанні законопроекту не підтримує пропозиції комітету з бюджету, вона розглядає альтернативні варіанти збалансованого розподілу витрат федерального бюджету по розділах функціональної класифікації.
В цілях нормалізації бюджетного процесу в суб’єктах РФ при розгляді проекту федерального закону про федеральний бюджет Державна Дума направляє в органи виконавчої влади суб’єктів РФ і законодавчі органи суб’єктів РФ відомості про розподіл доходів від федеральних податків і зборів між бюджетами суб’єктів РФ, затвердженому при розгляді в першому читанні законопроекту, а також про розмір Федерального фонду фінансової підтримки суб’єктів РФ і розподілі його коштів, затверджених при розгляді законопроекту в другому читанні, між суб’єктами РФ.
Якщо Державна Дума відхиляє в другому читанні проект федерального закону про федеральний бюджет, вона передає його в погоджувальну комісію.
Третє читання. При розгляді Державною Думою проекту федерального закону про федеральний бюджет у третім читанні затверджуються: витрати федерального бюджету по підрозділах функціональної класифікації й головних розпорядників коштів федерального бюджету, розподіл коштів Федерального фонду фінансової підтримки суб’єктів РФ по суб’єктах РФ, витрати федерального бюджету на фінансування федеральних цільових програм, Федеральної адресної інвестиційної програми на черговий фінансовий рік у межах витрат, затверджених у другому читанні по розділах федерального бюджету, програми надання гарантій Уряду РФ, коштів федерального бюджету на поворотній основі по кожному виді витрат, програма державних зовнішніх запозичень.