1) система не створювала повною мірою умови для обґрунтування закріплення видаткових повноважень для кожного рівня бюджетів;
2) трансферти з Федерального фонду фінансової підтримки суб’єктів Російської Федерації (ФФПР) стали переважаючою формою фінансової підтримки з федерального бюджету, усунувши альтернативні варіанти рішення проблеми бюджетної забезпеченості регіонів. У цілому був відсутній комплексний підхід до вирівнювання соціально-економічного розвитку регіонів з обліком цільових федеральних програм;
3) у системі межбюджетных відносин не приділялося належної уваги інституціональним реформам, спрямованим на скорочення бюджетних витрат;
4) відсутня належна зацікавленість органів державної влади суб’єктів РФ й органів місцевого самоврядування в збільшенні податкового потенціалу й росту власних бюджетних доходів;
5) відсутня нормативна база для обґрунтування потреб у бюджетних витратах;
6) не вирішується головна проблема по скороченню дотационности бюджетів суб’єктів РФ, усуненню необґрунтованих зустрічних фінансових потоків;
7) трансферти із ФФПР стосуються лише поточних витрат і не впливають на територіальний перерозподіл державних інвестицій;
8) нерозв’язаність проблем межбюджетных відносин впливає на посилення протиріч між федеральними органами державної влади й органами влади суб’єктів РФ, а останніх - з органами місцевого самоврядування.
Розглянемо концепцію реформування межбюджетных відносин, розроблену й представлену Урядом РФ на період 1999 — 2001 р.
Реформа межбюджетных відносин спрямована на рішення наступних завдань:
• підвищення ефективності використання й керування фінансовими ресурсами бюджетної системи;
• вирівнювання можливостей реалізації мінімального рівня соціальних гарантій, фінансованих з бюджетів всіх рівнів;
• створення умов для підвищення ефективності соціально-економічного розвитку регіонів.
Основу межбюджетных відносин становлять наступні принципи:
• збалансованість інтересів всіх учасників межбюджетных взаємин;